近年全球魚粉價格攀升，水試所針對如吳郭魚、金目鱸、鬼頭刀等臺灣大宗加工魚種，開發全新水解技術，從加工剩餘物萃取「水解魚蛋白粉」，蛋白質含量高達72%至88%，具備替代部分飼料魚粉的潛力。農委會水產試驗所淡水繁養殖研究中心主任楊順德說：「透過水解技術萃取的魚蛋白粉，不僅誘引魚蝦進食的效果更好，而且胜肽分子小，營養也更容易吸收。」

魚粉作為水產飼料最主要的蛋白質來源，通常以魚類加工剩餘物，如魚頭、魚尾、魚骨與內臟等製作而成。水試所引用關務署109年至111年出口統計表示，我國大宗加工魚種年平均加工剩餘物產量高達7,800餘公噸。但市面魚粉製作多為直接乾燥粉碎，營養價值與吸收都有限，不盡理想。

水試所開發的蛋白酶水解技術使用天然蛋白酶，針對不同魚種的原料特性，開發最佳化的水解技術。水解魚蛋白粉可進一步分為粗製與精製兩種。以吳郭魚為例，粗製水解魚蛋白粉蛋白質含量為76%，適合飼料原料使用；精製的蛋白粉成本較高，但具有免疫調節、抗氧化等相關健康助益，可作為機能性飼料添加物。

「目前主要選用吳郭魚、金目鱸、鬼頭刀等市面加工使用較多的魚種，淡、海水魚種混合製作，營養全面、料源充足也不受季節影響。」楊順德表示：「有漁民回饋是否能用烏魚製作，技術上沒問題，但各魚種育成有季節性，使用上需要考慮料源。」

蛋白酶水解技術無需使用酸、鹼或有機溶劑，能快速將骨肉混雜的剩餘物分解成水解魚蛋白粉、魚油，作為飼料；骨渣粉碎後的魚骨粉，則可開發為有機農業資材或飼料用礦物質，友善環境同時創造全魚利用的循環經濟。
近年來由於海洋汙染、過度捕撈與氣候變遷等多重因素，海洋資源面臨枯竭，循環利用在地加工魚類剩餘物，有助降低對進口魚粉的依賴，維護海洋資源。進一步促進臺灣漁業永續發展，以期達到農業淨零排放目標。